homologi er grundlaget for komparative studier i biologi på alle niveauer fra gener til fænotyper. Homologi er lighed på grund af fælles afstamning og herkomst, homoplasi er lighed opnået via uafhængig udvikling. Men i betragtning af at der kun er et livstræ, deler alle organismer, og derfor alle træk ved organismer, en vis grad af forhold og lighed med hinanden. Denne deling kan være lighed eller endda strukturens identitet og deling af en seneste fælles forfader-som i homologien for menneskers og Abers arme-eller det kan afspejle en vis (ofte lille) grad af lighed, såsom den mellem insektens vinger og fuglenes vinger, grupper, hvis fælles forfader ligger dybt inde i Metasoens evolutionære historie. Det kan afspejle deling af hele udviklingsveje, delvis deling eller divergerende veje. Denne gennemgang sammenligner funktioner klassificeret som homologe med de klasser af funktioner, der normalt er grupperet som homoplastiske, sidstnævnte er konvergens, parallelisme, tilbageførsler, rudiments, rester, og atavismer. På den ene side kan udviklingsmekanismer bevares, selv når en komplet struktur ikke dannes (rudimenter, rester), eller når en struktur kun vises hos nogle individer (atavismer). På den anden side kan forskellige udviklingsmekanismer producere lignende (homologe) træk. Fælles undersøgelse af nærhed af forhold og grad af delt udvikling afslører et kontinuum inden for en udvidet kategori af homologi, der strækker sig fra homologi –> reverseringer –> rudiments –> rester –> atavisms –> parallelisme, med konvergens som den eneste klasse af homoplasi, en ide, der viser sig at være overraskende gammel. Denne justering giver et glimt af en måde at bygge bro over fylogenetiske og udviklingsmæssige tilgange til homologi og homoplasi, en bro, der skal give en nøglesøjle for evolutionær udviklingsbiologi (evo-devo). Det vil ikke, Og i praktisk forstand kan ikke, ændre, hvordan homoplastiske træk identificeres i fylogenetiske analyser. Men at se rudimenter, tilbageførsler, rester, atavismer og parallelisme som tættere på homologi end til homoplasi bør lede os mod at søge efter de fælles elementer, der ligger til grund for dannelsen af fænotypen (hvad nogle har kaldt den dybe homologi af genetiske og/eller cellulære mekanismer) snarere end at diskutere træk med hensyn til delt eller uafhængig udvikling.