Homologie je základem srovnávací studie v biologii na všech úrovních od genů k fenotypu. Homologie je podobnost kvůli společnému původu a původu, homoplasie je podobnost dosažená prostřednictvím nezávislé evoluce. Avšak vzhledem k tomu, že existuje jen jeden strom života, všechny organismy, a tedy všechny rysy organismů, sdílejí určitý stupeň vztahu a podobnosti navzájem. Že sdílení může být podobnost nebo dokonce totožnost struktury a sdílení poslední společný předek-jako v homologie náručí člověka a opic, nebo to může odrážet některé (často malé) míry podobnosti, např. že mezi křídla hmyzu a křídla ptáků, skupin, jejichž společná předek leží hluboko v evoluční historii Metazoa. Může odrážet sdílení celých vývojových cest, částečné sdílení nebo odlišné cesty. Tento přehled porovnává vlastnosti klasifikované jako homologní s třídami funkcí obvykle seskupených jako homoplastické, druhý je konvergence, paralelismus, zvraty, základy, pozůstatky, a atavismy. Na jedné straně mohou být vývojové mechanismy zachovány, i když se netvoří úplná struktura (základy, pozůstatky) nebo když se struktura objevuje pouze u některých jedinců (atavismy). Na druhé straně různé vývojové mechanismy mohou produkovat podobné (homologní) rysy. Společné vyšetření blízkost vztahu a míry sdílený vývoj ukazuje kontinuum v rámci rozšířené kategorie homologie, sahající od homologie –> zvraty –> základy –> stopy –> atavisms –> paralelismus, s konvergence jako jediná třída homoplasy, nápad, který se ukáže být překvapivě staré. Toto přeskupení poskytuje záblesk způsobu, jak překlenout fylogenetické a vývojové přístupy k homologii a homoplasii, most, který by měl poskytnout klíčový pilíř pro evoluční vývojovou biologii (evo-devo). Nebude, a v praktickém smyslu nemůže, změnit způsob, jakým jsou homoplastické rysy identifikovány ve fylogenetických analýzách. Ale když vidím, základy, zvraty, pozůstatky, atavisms a paralelismus jako blíže k homologie, než homoplasy by nás měla vést k hledání společné prvky, na nichž je tvorba fenotyp (to, co někteří nazývají hluboké homologie genetických a/nebo buněčné mechanismy), spíše než o funkce, pokud jde o společné nebo nezávislé evoluce.