stejně jako při každé anestezii existují rizika spojená se samotnou celkovou anestezií. Další možnou komplikací kokcygektomie je infekce v místě chirurgického zákroku kvůli blízkosti místa k konečníku, což vede ke kontaminaci bakteriemi z výkalů pacienta. Analýza 24 studií coccygectomy (zahrnující 702 pacientů) uvádí, že 19 studií (zahrnující 493 pacientů) hlášeny post-chirurgie míra infekce, zatímco dalších pět studií dal neúplné informace. Mezi pacienty v 19 studiích s úplnými informacemi byla míra infekce 12%. Ve většině případů byla infekce povrchní, ale 4% operací způsobilo infekci, která vyžadovala opakovanou operaci k léčbě infekce. Nicméně, použití profylaktické antibiotik, předoperační rektální klystýr, uzavření rány ve dvou vrstvách a použití topické kožní lepidlo bylo prokázáno, že snížení míry infekce na 0%.

u dospělých, kteří podstoupí kokcygektomii, je jednou vzácnou komplikací následná perineální kýla nebo kokcygeální kýla. V těchto kýlech se střevo nebo jiný pánevní obsah vyboulí dolů a ven z pánve oslabeným pánevním dnem. Tato komplikace nebyla hlášena u osob, které podstoupily kokcygektomii během dítěte nebo dítěte. Mírnější verze kýly je, když někdo má jen prolaps (ochabnutí) pánevního dna. K opravě těchto kýly byly popsány různé chirurgické techniky.