než může být laktóza absorbována tělem, musí být rozdělena na její dvousložkové cukry. Tento proces vyžaduje laktázu. Ve většině savců, laktázy aktivita klesá po odstavu, ale v některých lidských etnických skupin, laktázy aktivita může přetrvávat do dospělého života, což celkem trávení velkého množství dietní laktózy. To je případ bílých Kavkazanů, například, kteří tvoří velkou část britské populace.

existují dva způsoby, jak lze získat intoleranci laktózy. Primární nedostatek/non-perzistence laktázy je geneticky zděděný pokles aktivity laktázy související s věkem, který se obvykle projevuje ve věku 5-20 let. Není to stav raného dětství. Ztráta aktivity laktázy je zřídka úplná, ale klesá na 10-30% počáteční hladiny enzymové aktivity. Při primárním deficitu laktázy je pokles enzymové aktivity trvalý a nemůže být indukován velkým množstvím laktózy (požitím laktózy). Sekundární nedostatek laktázy je přechodný stav deficitu laktázy v důsledku poškození výstelky střeva, kde se laktáza produkuje. Toto poškození může být způsobeno závažným záchvatem gastroenteritidy, podvýživy, nekontrolované celiakie, zánětlivého onemocnění střev (IBS), rakoviny nebo toxinů. Přestože je intolerance laktózy přítomna hlavně u dospělé populace, může se u kojenců a malých dětí vyskytnout Dočasná sekundární intolerance laktózy po gastroenteritidě nebo jiných formách infekce postihujících střevní trakt. Příznaky sekundární intolerance laktózy obvykle vymizí, když se střevní stěna zotaví z poranění, obvykle během 2-4 týdnů.

geneticky naprogramované a částečné po odstavení ztráta střevní laktázy aktivita ovlivňuje až 70% světové populace. Prevalence vysoké úrovně aktivity laktázy v dospělosti (a tedy schopnost snadno stravitelné laktózy) je nejvíce běžný mezi lidmi ze Severní evropy, kde klima je příznivé pro chov dojnic a následně mléko a mléčné výrobky byly součástí dospělé denní stravě po celá staletí. Například ve Velké Británii, Švédsku, Holandsku, Belgii a Irsku se předpokládá, že pouze 5% populace trpí jakýmkoli stupněm maldigesce laktózy. V jiných evropských zemích je prevalence nízkých hladin enzymu laktázy vyšší, v rozmezí 15-75%, i když přesné údaje je obtížné určit. Ve zbytku světa, zejména mezi černými a asijskými komunitami, kde mléko není tradičně konzumováno jako součást typické stravy pro dospělé, může být nedostatek laktázy (nízké hladiny enzymu) téměř 100%.

Pokud se předpokládá, že laktóza je příčinou zažívacích potíží, může být po dobu 2-3 týdnů vyzkoušena strava bez mléka, mléčných výrobků a jiných potravin obsahujících laktózu; pokud příznaky zmizí s dietou bez mléka a objeví se znovu po opětovném zavedení mléka do stravy, je pravděpodobná intolerance laktózy. Aktivita střevní laktázy může být měřena přímo nebo nepřímo. Přímé metody zahrnují střevní biopsii a střevní perfuzi. Nepřímé metody zahrnují podání standardní dávky laktózy, obvykle 50 g v tekuté formě (rovnající se 1 litru mléka), a následné měření glukózy v krvi nebo vodíku v dechu. Malé zvýšení nebo žádné zvýšení hladiny glukózy v krvi po požití laktózy naznačuje, že laktóza nebyla hydrolyzována a absorbována v tenkém střevě. Zvýšení koncentrace vodíku ve vydechovaném vzduchu po požití laktózy je výsledkem bakteriální fermentace laktózy v tlustém střevě. Nicméně, sníženou aktivitu střevní laktázy, nemusí nutně znamenat, že osoba trpí nesnášenlivostí laktózy při konzumaci běžné stravy země, což je nepravděpodobné, že poskytovat takové vysoké koncentrace laktózy (mléko obvykle obsahuje asi 8g).

v zásadě jsou příznaky intolerance laktózy závislé na dávce: čím větší je množství podávané laktózy, tím výraznější jsou příznaky. Gastrointestinální příznaky způsobené maldigescí laktózy se však mohou mezi jednotlivci lišit a další faktory mohou také ovlivnit stupeň nesnášenlivosti. Ukázalo se, že pomalé vyprazdňování žaludku a dlouhá doba průchodu střevem zlepšují absorpci laktózy. Proto pro pacienty pomáhá mít laktózu spíše jako součást jídla než mezi jídly. Metabolickou aktivitu střevní flóry se mezi jednotlivci značně liší a je myšlenka hrát významnou roli ve vzhledu nebo nepřítomnosti příznaky intolerance, které jsou nezávislé laktázy aktivita ve střevě. Nevstřebaná laktóza zvyšuje kyselost obsah tlustého střeva, což způsobuje změny ve složení střevní bakterie a jejich metabolické aktivity. V průběhu doby, některé adaptace bakteriální flóry může vést ke zlepšení tolerance laktózy, navzdory maldigestion.

protože příznaky intolerance laktózy a syndromu dráždivého tračníku (IBS) jsou velmi podobné, je pravděpodobná nesprávná diagnóza mezi těmito stavy. V dvojitě zaslepených kontrolovaných studiích, self-diagnostikována laktóza netolerantní jedinci bylo zjištěno, že trpí výrazně více z příznaky intolerance, zda byly náročné obyčejné mléko obsahující 15 g laktózy za den, nebo laktóza hydrolyzované mléko (tj. nízký laktózy mléko). Jiné studie prokázaly, že ne všichni pacienti s podezřením na intoleranci laktózy se zlepšují dietou bez laktózy, a proto mají větší pravděpodobnost, že budou trpět IBS než intolerance laktózy. Jednotlivec však může mít nedostatek laktázy a trpí IBS, v takovém případě mohou být příznaky konzumace laktózy zhoršeny.