Identifikace pleiotropní geny a genové sady základní růst a imunitu rysy: případová studie na Meishan prasat
růst a imunitní schopnosti jsou důležité vlastnosti v chovu zvířat. Databáze animal quantitative trait loci (QTL) je cenným zdrojem a může být použita pro interpretaci genetických mechanismů, které jsou základem růstu a imunitních rysů. Intervaly QTL však často zahrnují příliš mnoho kandidátských genů k nalezení skutečných kauzálních genů. Proto cílem této studie bylo poskytnout efektivní anotace potrubí, které může plně využívat informací z Gene Ontology anotace, propojení gen bloky a cesty k další identifikaci pleiotropní geny a genové sady v překrývajících se intervalech související s růstem a imunitu-související QTLs. Celkem 55 non-redundantní QTL překrývající se intervaly byly identifikovány, 1893 související s růstem geny a 713 imunitu-související geny byly dále klasifikovány do překrývajících se intervalů a 405 pleiotropní geny sdílí dvě genové sady byly stanoveny. Kromě toho bylo objeveno 19 pleiotropních genových vazebných bloků a 67 cest souvisejících s imunitou a růstovými rysy. Bylo také identifikováno celkem 343 genů souvisejících s růstem a 144 genů souvisejících s imunitou zapojených do pleiotropních drah. Jsme také sekvenován a genotyp 284 osob z Čínské Meishan prasata a Evropská prasata a mapovány jednonukleotidové polymorfismy (Snp) pleiotropní geny a genové sady, které jsme identifikovali. Celkem 971 vysoké sebevědomí Snp byly mapovány na pleiotropní geny a genové sady, které jsme identifikovali, a mezi nimi 743 Snp byly statisticky významné ve frekvenci alel mezi Meishan a Evropská prasata. Tato studie zkoumá vztah mezi vlastnostmi růstu a imunity z pohledu překrývajících se intervalů QTL a lze ji zobecnit, aby prozkoumala vztahy mezi jinými vlastnostmi.