Al igual que con cualquier operación bajo anestesia, hay riesgos asociados con la anestesia general en sí. Una posible complicación adicional de la coccigectomía es la infección en el sitio quirúrgico, debido a la proximidad del sitio al ano, que conduce a la contaminación por bacterias de las heces del paciente. Un análisis de 24 estudios de coccigectomía (que abarcaron a 702 pacientes) informó que 19 estudios (que abarcaron a 493 pacientes) informaron la tasa de infección postoperatoria, mientras que los otros cinco estudios dieron información incompleta. Entre los pacientes de los 19 estudios con información completa, la tasa de infección fue del 12%. En la mayoría de los casos, la infección fue superficial, pero el 4% de las operaciones provocaron una infección que requirió repetir la cirugía para tratar la infección. Sin embargo, el uso de antibióticos profilácticos, el enema rectal preoperatorio, el cierre de la herida en dos capas y el uso de un adhesivo tópico para la piel han demostrado reducir la tasa de infección al 0%.

En adultos que se someten a coccigectomía, una complicación poco frecuente es una hernia perineal posterior o hernia coccigeal. En estas hernias, el intestino u otros contenidos pélvicos sobresalen hacia abajo y salen de la pelvis a través de un suelo pélvico debilitado. Esta complicación no se ha reportado en personas que se sometieron a coccigectomía mientras eran bebés o niños. Una versión más leve de la hernia es cuando una persona simplemente tiene prolapso (flacidez) del suelo pélvico. Para reparar estas hernias, se ha descrito una variedad de técnicas quirúrgicas.