La historia de la administración de Karachi comienza en 1846, cuando una epidemia de cólera amenazó a los 9.000 ciudadanos de la ciudad. Los esfuerzos para combatir esta enfermedad infecciosa fueron coordinados por una Junta de Conservación. En 1852, la Junta de Conservación se convirtió en una Comisión Municipal y en 1853, se elevó a Comité Municipal. En 1878, la ciudad fue facultada para recaudar impuestos a nivel local.

La Ley Municipal de la Ciudad de Karachi fue promulgada en 1933, y el Comité Municipal se convirtió en una Corporación Municipal multiétnica de 57 miembros con un Presidente y un Vicepresidente en lugar del ex Alcalde y el Vicealcalde. El primer Presidente fue Jamshed Naserwanji, que anteriormente había servido como alcalde durante veinte años.

Después de la independencia en 1947, Karachi se convirtió en la capital del nuevo estado independiente de Pakistán y el alcalde Hakim Ehsan recibió al Gobernador General, Muhammad Ali Jinnah, en el Aeropuerto Internacional de Karachi. En 1948 se fijaron los límites de la ciudad dentro del nuevo Territorio de la Capital Federal, que cubría 2.103 km2, pero también incluía varias pequeñas ciudades y aldeas separadas de Karachi.

Durante el período de 1961 a 1970, el antiguo Territorio de la Capital Federal se fusionó con el vecino estado principesco de Las Bela para formar la División Karachi-Bela de Pakistán Occidental. Durante la década de 1970, esta fusión se revirtió y Karachi se convirtió en una división por derecho propio, cubriendo 3.528 km2.

La Corporación Municipal de Karachi pasó a ser una Corporación Metropolitana en 1976, seguida de Comités Municipales Zonales que funcionaron de 1987 a 1994. El sistema de gobierno cambió de nuevo en 1996, cuando la División de Karachi se subdividió en cinco distritos, cada uno con su propia Corporación Municipal.En 1999, el Presidente Pervez Musharraf se comprometió a reformar toda la estructura administrativa del país. En el año 2000 se suprimió todo el tercer nivel de gobierno (divisiones administrativas) en favor del cuarto nivel (distritos). En Karachi, la división de Karachi y los cinco distritos se fusionaron para formar una nueva Ciudad-Distrito que se subdividió en agosto de 2001 en dieciocho ciudades autónomas que comprendían 178 consejos sindicales locales.

El sistema de ciudades se abolió en 2011, y la Autoridad de Desarrollo de Karachi se administra a nivel provincial, en lugar de local.